A quelques dizaines de mètres de la Seine, un important dispositif a été mis en place pour protéger les 300000 œuvres de la collection du musée, et c’est une véritable fortification souterraine qui ceinture en sous-sol tout le bâtiment contre la proximité du fleuve.
Réalisé par le groupement d’entreprises Intrafor-Spie Fondations, ce dispositif périmétrique est constitué d’un immense mur de béton étanche (750 mètres de long par 20 mètres de profondeur), qu’on appelle paroi moulée. Moulée, car c’est dans le sol qu’elle prend sa forme, le béton étant coulé dans des sortes de tranchées préalablement creusées.
Sa profondeur est fonction de la nature du terrain et, au quai Branly, il a fallu dépasser la couche perméable (remblais et alluvions) pour atteindre une couche profonde mais étanche (argiles plastiques) située à -20 mètres. La barrière étanche est alors formée. Pour s’ancrer fermement dans le sol, des morceaux plus profonds, appelés jambes de pantalon, s’enfoncent à -31 mètres, dans une couche compacte et mécaniquement résistante, les sables de Bracheux. Les fondations du musée ont également suivi le même chemin, sous forme de pieux qui s’ancrent dans la profondeur de ces sables. Pour se protéger des débordements de la Seine, les vallons du jardin cachent aussi tout un dispositif anti-crue (mur, merlons de terre argileuse, etc.), qui dépasse le niveau centennal de la crue 1910. Au cours de ces travaux, les archéologues ont mis à jour les premières œuvres du chantier, sinon du musée, des anciennes pirogues voguant autrefois sur la Seine.
